CKM yang dibangun seharusnya diharapkan dapat memberikan keuntungan yang signifikan terhadap perusahaan dan pelanggan, namun tidak sedikit juga yang mengalami hambatan dalam penerapan CKM tersebut. Adapun hambatan-hambatan yang terjadi antara lain:

(Gibbert,  Leibold,  dan  Probst, 2002)

1.      Penerapan Customer Knowledge Management dengan pola pikir yang salah. Jangan pernah perusahaan berpikir dalam menerapkan CKM adalah untuk menguras pengetahuan yang dimiliki pelanggan demi keuntungan yang akan didapatkan perusahaan semata, namun pembangunan CKM harus dilandasi untuk pengembangan nilai pengetahuan pelanggan dan perusahaan untuk menuju arah yang lebih baik.

2.       Menghiraukan keanekaragaman pelanggan. Perusahaan harus menjangkau banyak pelanggan agar pengetahuan yang didapatkan semakin akurat dalam pengembangan CKM. Pendekatan perusahaan terhadap pelanggan harus dilandasi keanekaragaman pelanggan, perusahaan harus memiliki metode-metode khusus untuk mendekati setiap pelanggan agar perusahaan mampu melakukan inovasi yang dapat menjawab semua kebutuhan pelanggan.

3.       Sering kali perusahaan salah strategi dalam menerapkan CRM untuk membangun CKM, sehingga pelanggan merasa dimanfaatkan dan akhirnya menjauh dari perusahaan. Oleh karena itu pemilihan strategi CRM juga harus sebaik mungkin agar kedua belah pihak tidak merasa dirugikan satu sama lain, bahkan memberikan manfaat untuk keduanya.

4.       ketidakmampuan dalam infrastruktur organisasi dan proses untuk menangani memanfaatkan pengetahuan dari pelanggan. Hal ini mengakibatkan knowledge asset yang terkumpul menjadi sia-sia. Sebaiknya perusahaan menyediakan infrastruktur organisasi yang mampu mengelola pengetahuan yang didapatkan menjadi sesuatu informasi dan inovasi yang berguna bagi perusahaan. Pengetahuan yang dikumpulkan semakin lama semakin besar sehingga perusahaan  perlu dipersiapkan sejak dini untuk mengantisipasi itu, misal dengan menggunakan sistem navigasi dan fitur pencarian knowledge serta diberikan kategori sesuai  topik tertentu.

5.       Dengan seringnya mengandalkan pengetahuan dari pelanggan, perusahaan dapat terjebak dengan kondisi dimana sulit berinovasi tanpa dukungan dari pelanggan. Hal ini dapat mengakibatkan perusahaan menjadi ketergantungan terhadap pelanggan.

6.       Kurangnya rasa percaya satu sama lain dalam bertukar  pengetahuan. Sehingga perusahaan harus dengan baik mendekatkan diri dan memberikan rasa percaya dan rasa aman kepada setiap pelanggannya.